Il porto di Villa San Giovanni (di categoria II, classe II) rappresenta il principale nodo di collegamento marittimo tra la Calabria e la Sicilia, consentendo l’attracco delle navi traghetto operative nello Stretto di Messina per il trasporto di persone, veicoli gommati (commerciali e non) e convogli ferroviari. Presenta una imboccatura con ampiezza di 230 m, successivo bacino di evoluzione con diametro pari a 40 m, specchio acqueo di 67.000 m2, con fondali variabili fra 5 e 10 m e banchine operative per complessivi 1.228 m.
La struttura portuale è strettamente connessa a quella ferroviaria, così che dalle invasature si può accedere direttamente alla stazione dei treni.
Il servizio di traghettamento è svolto da una divisione di navigazione della società R.F.I. (Rete Ferroviaria Italiana) e da una società privata.
La prima utilizza 4 invasature; 3 di queste, dotate di binari per l’imbarco dei convogli ferroviari (passeggeri o merci), sono riservate all’attracco dei traghetti monodirezionali, adibiti al trasporto dei veicoli ferroviari e delle autovetture; l’altra invasatura è attrezzata per l’imbarco/sbarco di veicoli gommati pesanti su traghetti bidirezionali.
L’area ZES del porto è costituita dalle “aree demaniali marittime, le banchine, le altre opere portuali e gli antistanti specchi acquei compresi tra la foce del torrente Solaro a sud e l’esistente molo di protezione degli approdi del costruendo porticciolo turistico che resta escluso dalla circoscrizione territoriale come ampliata a nord” (DM 6 agosto 2013). AI fini della definizione della ZES sono esclusi gli specchi acquei. Il totale delle aree incluse nella perimetrazione dell’area ZES corrisponde a circa 4 ha.